熒光光譜儀讀數不穩定可能是實驗者Z頭痛的問題。靈敏度越高的儀器，表現出的吸光值漂移越大。事實上，熒光光譜儀的設計原理和工作原理，允許吸光值在一定范圍內變化，即熒光光譜儀有一定的準確度和精確度。
1、核酸本身物化性質：溶解核酸的緩沖液的pH值、離子濃度等在測試時，離子濃度太高也會導致讀數漂移，因此建議使用pH值一定、離子濃度較低的緩沖液(如TE)可大大穩定讀數。核酸的吸光值受pH值和緩沖液離子濃度影響。只有在一定的pH值和低離子濃度的條件下(如10mMTris-HClpH8.0)，才能得到精確的檢測結果。水的pH值不穩定，可能導致檢測誤差。一些緩沖液在紫外范圍內存在自身吸收，為了確保準確測量，請使用與懸浮或洗脫樣品時相同的緩沖液。
2、樣品的稀釋濃度：樣品的稀釋濃度同樣是不可忽視的因素，由于樣品中不可避免存在一些細小的顆粒，尤其是核酸樣品。這些小顆粒的存在干擾測試效果。為了Z大程度減少顆粒對測試結果的影響，要求核酸吸光值至少大于0.1A，吸光值Z好在0.1-1.5A。在此范圍內，顆粒的干擾相對較小，結果穩定。從而意味著樣品的濃度不能過低，或者過高(超過光度計的測試范圍)。
3、熒光光譜儀操作因素：如混合要充分，否則吸光值太低，甚至出現負值;混合液不能存在氣泡，空白液無懸浮物，否則讀數漂移劇烈;必須使用相同的比色杯測試空白液和樣品，否則濃度差異太大;換算系數和樣品濃度單位選擇一致;不能采用窗口磨損的比色杯;樣品的體積必須達到比色杯要求的Zui小體積等多個操作事項。
